Vous pouvez très bien spécifier que votre dossier ne peut être lu/modifié/géré par différents utilisateurs ou groupes d'utilisateurs.
Pour cela il suffit tout simplement d'utiliser les sécurités NTFS. C'est un jeux d'enfant !
Pour cela il suffit d'aller dans les propriétés du fichier et d'aller dans l'onglet "Sécurité". Il vous suffit par la suite d'ajouter l'utilisateur que vous voulez autorisé à modifier ou lire simplement le dossier en question.
Il ne faut JAMAIS, dans le cadre d'une entreprise tout du moins, laisser le groupe Tout le monde. Pour être sur, il vaux mieux supprimer tous les utilisateurs et groupes de la liste et tout refaire proprement.
Il faut toujours commencer par tout fermer, et n'ouvrir que pour ce qui est nécessaire.
NB: Ne pas oublier d'aller faire un tour dans les paramètres avancés pour déocher la case:
Hérite de l'objet Parent les
entrées d'autorisation qui s'appliquent aux
objets enfants. Cela inclut les objets dont les
entrées sont spécifiquement définies ici.
Puis Ok, et copier. Comme ceci vos autorisation NTFS tiennent la route

Un peu plus de docs par ici :
Autorisation