Le programme d'installation propose effectivement la réinstallation systématique dans le cas d'une unique partition.
Supprimer la ou les partitions c'est effectivement la solution.
Lors de la réinstallation avant le formatage vous pouvez supprimer toutes les partitions du disques dur. Dans ce cas le programme de réinstallation de Windows vous proposera de recréer les nouvelles partitions et de reformater avant installation. Après cette opération Windows devrait se réinstaller sans problèmes.